Suite à la mise à jour de Apache en version 2.4.6, j'ai eu la surprise de ne plus pouvoir accéder à mes sites.
[authz_core:error] [pid 25082] [client 127.0.0.1:58981] AH01630: client denied by server configuration

Première piste, il faut remplacer dans le fichier de configuration VirtualHost les valeurs obsolètes :
Order allow,deny
Allow from all

Par la valeur :
Require all granted

Normalement, cela devrait fonctionner, sauf que ça ne changeait rien...

En essayant de réactiver le virtualHost :
$ sudo a2ensite monsite.com

J'ai la réponse :
ERROR: Site monsite.com does not exist!

Pourtant le fichier est bien présent dans /etc/apache2/sites-available
Dans le fichier de configuration de apache2 /etc/apache2/apache2.conf, on peut voir à la fin du fichier que Apache2 prend désormais uniquement les fichiers virtualhost avec l'extension .conf.
# Include the virtual host configurations:
IncludeOptional sites-enabled/*.conf

Après avoir renommé mon fichier /etc/apache2/sites-available/monsite.com en /etc/apache2/sites-available/monsite.com.conf, je peux de nouveau activer.

$ sudo a2ensite monsite.com
Enabling site monsite.com.

Un petit reload de apache et le tour est joué, le site est de nouveau accessible.
$ sudo service apache2 reload